El municipio se encuentra a medio camino de la Costa Brava y de los Pirineo, a 120 km de Barcelona y a 49 km de la frontera con Francia. La ciudad está ubicada a la orilla oriental del Estanque que trae el mismo nombre, sobre la cota de 175 metros sobre el nivel del mar, y queda flanqueada al norte por los bloques abruptos de la Virgen María de Mont y a ponente por la sierra de Rocacorba. El término municipal de Banyoles es pequeño, con una superficie de 10,89 km², y queda rodeado por los municipios de Porqueres y Fontcoberta.
El clima de Banyoles es típicamente mediterráneo, entre las tendencias más acusadas de la atlántica de la Garrotxa y la más húmeda del Gironès. La temperatura mediana interanual es de 15 °C y la pluviositat es fuerza abundante. Los vientos dominantes son los que soplan norteño-oeste, predominantes durante todo el año, y del sudeste, más notorios a la primavera y el verano y asociados a la marinada.
En cuanto a su historia, el municipio está documentado en el siglo IX como Balneolas, nombre latino derivado de balneum , «baño». Con todo, el Monasterio de Santo Esteve de Banyoles, situado al casco antiguo del municipio, se puede considerar la primera fundación monástica benedictina en Cataluña y es considerado la cuna de la ciudad de Banyoles.